目的：开展病原宏基因组高通量测序（mNGS）质量评价联合研究，为医疗机构（医院）mNGS 本地化建设提供参考经验。 方法：参加单位使用本地化建设的mNGS 流程，按方案要求检测参考品标本并回报结果。对检测性能及技术选型等因素进行统计分析。 结果：来自全国17 个省、直辖市的42 家医院的47 个科室参加本次研究，检测流程包括3 种测序平台的10 种测序仪。参加单位按研究方案完成质量评价参考品的测试，共回报49 组有效数据，其中全部性能指标均为满分的占29%，各性能指标的满分占比分别为阳性符合率（准确性）73%、阴性符合率（特异性）92%、重复性47%、检出限71%，以及稳健性37%。实验流程中标本前处理、病原富集及核酸片段化的技术选型，是显著影响满分率的因素。更大的测序数据量与满分率呈正相关，而不同测序方案则无统计学差异。 结论：本次联合研究提示，目前mNGS 流程的整体稳定性仍有较大优化空间，实验室在开展本地化建设时应充分考虑影响检测系统稳定的各潜在因素，有助于保证日常运行的稳定可控。